Сергей Котлов родился в Архангельской области в 1981 году. Имеет профильное педагогическое образование: окончил Поморский государственный университет им. М.В. Ломоносова.
Более трех лет проработал директором Шенкурской коррекционной школы, затем возглавил администрацию города Шенкурска. С 2012 года Сергей Котлов являлся главой Шенкурского района. Весной 2017 года он перешел работать в министерство образования и науки Поморья на должность заместителя руководителя ведомства.
Стоит отметить, что пост министра образования и науки появился в структуре правительства Архангельской области при губернаторе Михальчуке. Правда, некоторое время министерство объединяло не только образование и науку, но и культуру. Вплоть до 2013 года министром являлся Илья Иванкин, позже перешедший в САФУ, а ныне возглавляющий департамент образования НАО. В 2013-2017 годах министром работал Игорь Скубенко, пришедший на пост из северодвинской мэрии, где был заместителем начальника управления образования.
С назначением Котлова практика перехода бывших муниципальных руководителей продолжилась. В свое время из Холмогорского района в администрацию области перешла нынешний замгубернатора по социалке Екатерина Прокопьева. Она, к слову, тоже некоторое время руководила региональной сферой образования.